【工具】conda 的安装与使用
Dandelion 7/12/2022 tool
# conda 简介
- Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。
- Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，macOS 和 Windows，也可以打包和分发其他软件。
- conda 分为 anaconda 和 miniconda。anaconda 包含一些常用包的版本，miniconda 是精简版本（只包含 conda、pip、zlib、python 以及它们所需的包）。
- 推荐使用 miniconda，其余包可通过 conda install 进行对应安装。
- miniconda 官网 (opens new window)：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
# conda 的安装
- 使用 wget 命令下载合适版本：
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 赋予 shell 文件执行权限：
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 运行 shell 文件：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
注：为避免 conda 污染环境，安装时最好不要一路都 yes，在询问是否将 conda 加入环境变量的时候选择 no。
# conda 的使用
启动 conda
- 找到 miniconda 安装目录，并切换到 bin 目录下，查看该目录下的文件，可以看到
activate。 - 为
activate添加权限：chmod 777 activate - 启动 conda：
source ./activate注：当命令行前面出现(base)时，说明启动成功，输入conda list，将有反应。
- 找到 miniconda 安装目录，并切换到 bin 目录下，查看该目录下的文件，可以看到
添加 channel
- 官方 channel：
bioconda&conda-forge（相对较慢） - 清华的镜像：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
- 北外的镜像：
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
- 阿里云的镜像：
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda/
- 显示添加的 channels：
conda config --get channels - 查看已添加的 channels：
vim ~/.condarc或code ~/.condarc - 删除已添加的 channel：
conda config --remove channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ - 设置搜索时显示 channel 地址：
conda config --set show_channel_urls yes
- 官方 channel：
常用命令
- 查找软件存不存在：
conda search 软件名 - 安装最新版本的软件：
conda install 软件名 - 安装特定版本的软件：
conda install 软件名=版本号 - 查看软件安装的位置：
which 软件名 - 查看已安装软件：
conda list - 更新指定软件：
conda update 软件名 - 卸载指定软件：
conda remove 软件名
- 查找软件存不存在：
退出 conda：
source ./deactivate或conda deactivate
# 其他操作
创建软件的软链接
注：退出 conda 环境之后，之前安装的软件全都没法执行了。这时只要把安装好的软件软链接到一个环境变量即可使用。
- 创建一个新文件夹：
mkdir soft - 切换到该目录，并打印路径：
cd soft&pwd - 将该文件夹添加到环境变量：
export PATH="soft文件夹路径:$PATH" - 创建软链接：
ln -s 软件安装的路径 soft文件夹路径 - 初始化 bashrc：
source ./bashrc
- 创建一个新文件夹：
创建 conda 环境
注：
(base)是 conda 的基本环境，而有些软件依赖的是 python2 的版本，如果你仍旧使用 base 的话，base 里面的 python 版本就会自动降级，从而引发别的软件报错。因此，可以为其他软件创建一个单独的环境。- 查看当前存在的环境：
conda env list或conda info --envs - 创建新环境：
conda create -n python2 python=2（-n 选项表明指定环境名字，python2 即环境名，python=2 指定新环境的 python 版本为 2，也可以啥都不指定） - 启动新环境：
conda activate python2 - 删除环境：
conda remove -n python2 --all - 重命名环境（即先克隆一个原来的环境，命名为新名字，然后删掉原来的环境）：
conda create -n py2 --clone python2&conda remove -n python2 --all - 简化启动命令：
vim .bashrc&alias condaup='soure ./activate'
- 查看当前存在的环境：
导出和导入 conda 环境
- 导出环境：
conda env export > env.yml - 导入环境：
conda env create -f env.yml
- 导出环境：